이에 앞서 한국선주협회는 기획재정부에 건의서를 제출하고 기업소득환류세제는 톤세제를 적용한 해운기업에 대한 특례적용과 해운산업의 생산설비인 선박을 해외에서 도입하는 자체가 해상 및 육상직원 일자리 창출, 선박관리업, 해상보험, 선박검사, 선박수리업 등 유관산업에까지 폭넓게 기여하는 만큼 이에 대한 고려가 필요하다며 정부의 정책적인 배려를 요청했다.
기획재정부는 한국선주협회의 이같은 건의를 수용해 “조세특례제한법 제104조의10에 따른 톤세제도를 적용하고 있는 해운기업의 해운소득은 법인세법 제13조에 따라 과세표준을 계산하는 것이 아니므로 법인세법 제56조를 적용하지 않는다”고 밝혔다.
또 기업소득 환류세제를 적용함에 있어 국적취득조건부 나용선계약(BBCHP) 방식으로 선박을 취득하는 경우 해운회사의 투자금액은 해운회사가 BBCHP 계약에 따라 장기 미지급금을 해외 SPC에게 해당 사업연도에 대해 지급하는 금액이라고 정리했다. 아울러 외항화물운송업을 영위하는 회사가 취득하는 외항선박은 법인세법 제56조 제2항 제1호 가목에 투자에 해당하는 것으로 해석했다.
외항화물운송업을 영위하는 회사가 해외로부터 최초로 구입하는 선박은 법인세법 제56조 제1항 제1호 가목의 투자에 해당하는 것이라고 밝혔다. 이와 함께 외항운송업을 영위하는 회사가 연부연납 방식으로 기업소득 환류세제 도입 이전에 취득한 선박에 대해서는 기업소득 환류세제 적용 이후 지출하는 연부연납 금액은 법인세법 제56조 제2항 제1호 가목의 투자에 해당하는 것으로 봤다.
이밖에도 외항해운업을 영위하는 회사가 기존에 보유하고 있던 선박과 관련해 기업소득환류세제 적용 이후 사업연도에 발생하는 자본적 지출도 투자에 해당하는 것으로 정리했다.
한국선주협회 관계자는 “기획재정부의 이같은 해석은 해운산업의 특성과 장기불황 등 여러 정황을 고려한 것으로 보인다”고 말했다.
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